Nació el 14 de febrero de 1898 en la ciudad Corrientes.
Fue hijo del naturalista Pedro Scalabrini nacido en Italia, quien dirigió el museo de la ciudad de Paraná (provincia de Entre Ríos). Su madre, Ernestina Ortiz, era oriunda de la provincia de Entre Rios, proveniente de una familia de origen vasco con presencia desde la época de la conquista.
Scalabrini Ortiz arribó a Buenos Aires a para estudiar Ingeniería en la Facultad de Ciencias Exactas, donde no tardó en acercarse al círculo de intelectuales y escritores que se reunían en torno a la figura de Macedonio Fernández.
Su primera publicación fue una colección de cuentos breves reunidos en el libro La Manga en 1923.
En 1931 publicó El hombre que está solo y espera, con el que obtuvo reconocimiento de los círculos intelectuales y el Premio Municipal. Luego de este reconocimiento, se dedicó de lleno a la investigación socioeconómica e histórica nacional. Toda su obra estará relacionada con estas investigaciones.
Fue uno de los puntales del revisionismo histórico, fue autor de Política británica en el Río de la Plata e Historia de los ferrocarriles argentinos.
También destacó como ingeniero y diseñador ferroviario, habiendo realizado varios prototipos de locomotora de alta velocidad y perfil aerodinámico. Desgraciadamente, esos proyectos no llegaron a contar con el apoyo institucional.
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